北京十三中学分校是一所纯初中校，现有26个教学班，学生1000余人，教职工110余人。前身是北京106中学，1998年北京13中初中部迁入，更名为北京市第十三中分校，由此，学校文化延伸至辅仁大学男附中，近百年文化的积淀深深融入13中分校的血脉，滋养着她独特的精神气韵。传承开创，古老而年轻的北京十三中学分校正蓬勃发展，创造着一个又一个奇迹。 北京十三中分校在以素质教育理念、可持续发展理念、整体优化理念的指导下，发扬“艰苦奋斗、团结奉献、求实创新”的十三分主人翁精神，努力实现“办学高水平、学生高素质、教学高质量”的三高办学目标，共创学校发展辉煌、共享学校发展成果。
学校积极推进义务教育阶段课程改革，以课改为导向，完善学校管理机制，以课改为核心，深化教学改革。认真规范地落实国家课程和地方课程，大力开发选修课程、校本课程和城宫课程，构建有效衔接的课程体系，注重在学习兴趣、学习习惯、学习方法、学习能力、学习内容等方面的着力培养，在初一、初二开设开放性科学实践课、综合社会实践课，让学生的需求得到满足。通过课程、教学改革、教师专业发展，让越来越多的学生个性得到发展。现在学校开设了心理、科学实验课、国学、阅读、英语听力、文学导读课等选修课，钢笔画、生活中的数学、球类等20多门校本课；舞蹈、武术、体操、绘画、声乐、棋类、思维训练课等30余种学生活动课程。
